蛋白激酶在新药研发,尤其是抗肿瘤药物的研发中,是一类重要的靶点,因为它们在一些生理机制的调控中负担重要的角色,包括对细胞的增殖、分化和代谢过程的调控。通过专一的抑制剂阻止细胞的激活和增殖从而阻断信号通路,有益于治疗各种疾病,包括癌症。因此,以蛋白激酶为靶点开发高效的并且、选择性的抗肿瘤药物已经成为研究热点。随着计算机技术的应用和信息科学的迅猛发展,分子模拟方法作为药物研发的重要技术和工具,被应用于潜在靶点蛋白的功能、作用机制和相关作用的信号通路的研究中,发挥了其独特的优势,起到实验无法替代的作用,并可以与很少实验手段进行很好的互补,推动了这一研究领域的长足发展。定量构效关系、分子对接、药效团模型、分子动力学模拟、自由能计算和分子力学与量子力学相结合(QM/MM)等多种分子模拟和药物设计方法,均被成功应用于计算机辅助激酶抑制剂的设计以及激酶作用机此网站制的研究中。本论文应用多种分子模拟的方法(3D-QSAR、分子对接、分子动力学模拟和自由能计算等)研究蛋白激酶和药物小分子的复合体系。基于配体的角度,我们主要研究了药物小分子的结构特征同其生物活性之间的关系；基于受体的角度,我们主要从生物大分子与药物小分子之间的相互作用来考察抑制机理和寻找药物活性成因及差异的分子机制。